يمكن بيان الأسباب الكامنة وراء فراغ كيس الحمل فيما يأتي:
يتمثل الحمل غير المكتمل الذي يُعرَف أيضاً بالبويضة التالفة (بالإنجليزية: Blighted Ovum) بانغراسالبويضة الملقحةفي جدار الرحم ونمو كيس الحمل دون نمو الجنين، ممّا يؤدي إلى نمو كيس حمل فارغ، وقد تكون هذه الحالة ناجمة عن وجود بعض الاضطرابات الجينيّة في البويضة الملقحة، وقد لا يتمكّن الطبيب من تحديد المسبّب الرئيسيّ للمشكلة في العديد من الحالات، كما تجدر الإشارة إلى أنّ اكتشاف تشكّل كيس الحمل الفارغ يعني فشل الحمل، وبالتالي حدوث الإجهاض، وقد يتمّ الانتظار حتى حدوث الإجهاض بشكلٍ تلقائي من الجسم، وقد يُجرّض الطبيب الإجهاض، ومن الجدير بالذكر أنّ هذه الحالة يتمّ اكتشافها في الفترة بين الأسبوع 8-13 من الحمل في العادة، وقد تحدث قبل اكتشاف المرأة للحمل في بعض الحالات.
في بعض الحالات قد لا يكون الطبيب قادراً على رؤية كيس الحمل عن طريق التصوير بالموجات فوق الصوتيّة (بالإنجليزية: Ultrasound)، ومن الأسباب التي قد تؤدي إلى هذه الحالة نذكر الآتي:
لا يصاحب كيس الحمل الفارغ حدوث أيّ من المضاعفات الصحيّة الخطيرة، وبعد حدوث عمليّة الإجهاض يحتاج الجسم إلى بعض الوقت للتعافي، لذلك يُنصح بالانتظار لما لا يقلّ عن 3 دورات شهريّة قبلمحاولة الحملمرّة أخرى، ومن الجدير بالذكر أنّ العديد من النساء تكون قادرة على الحمل بشكلٍ طبيعيّ بعد حدوث مشكلة كيس الحمل الفارغ، مع ضرورة الحرص على اتّباع نظام غذائيّ صحيّ، وممارسة التمارين الرياضيّة، وتناول المكملات الغذائيّة الضروريّة للحمل.