تعيش فيالأمعاء الغليظةأعداداً هائلة جداً من البكتيريا، منها البكتيريا اللاهوائية مثل البكتيريا العصوانية (بالإنجليزية: Bacteroides)، والعقدية اللاهوائية (بالإنجليزية: Anaerobic streptococci)، والكلوستريديوم (بالإنجليزية: Clostridium) التي يفوق عددها اللاهوائيات الاختيارية (بالإنجليزية: Facultative anaerobes) مثلالإشريكية القولونية(بالإنجليزية: Escherichia coli).
هناك العديد من الوظائف التي تقوم بها بكتيريا الجهاز الهضمي، ومنها ما يلي:
تعرّف البروبيوتيك على أنّها كائنات حية دقيقة، قد تزود البشر بفوائد صحية عند استخدامها بكمياتٍ كافية، فقد أثبتت الدراسات أنّ هذه الكائنات الدقيقة تساعد على تعديلجهاز المناعة، والحفاظ على بنية ووظيفة الجهاز الهضمي، فهي تقوم بالوظائف نفسها التي تقوم بها بكتيريا الجهاز الهضمي، ومن الأمثلة على هذه الكائنات الحية الدقيقة المُلبّنة المُجَبّنة (بالإنجليزية: Lactobacillus casei)، والمُلبّنة البُلغارِيَّة (بالإنجليزية: Lactobacillus bulgaricus)، والمُلبّنة الحَمِضَة (بالإنجليزية: Lactobacillus acidophilus)، وأنواع عديدة من بكتيريا الشقاء (بالإنجليزية: Bifidobacterium)، والعِقدِيّة الحَرّية (بالإنجليزية: Streptococcus thermophilus)، ومن الجدير بالذكر أنّ البروبيوتيك يستخدم لعلاج العديد من الأمراض، ومنها أمراض الأمعاء الالتهابية (بالإنجليزية: Inflammatory bowel disease)،والإسهالاتالمرتبطة باستخدامالمضادات الحيوية، وبالإضافة إلى البروبيوتيك هناك ما يعرف بالبريبيوتيك (بالإنجليزية: Prebiotics) وهي مكونات غذائية تحتوي على سكريات قليلة التعدد غير قابلة للهضم تستفيد منها البكتيريا.
هناك العديد من الأطعمة التي تُعدّ ذات فائدة لبكتيريا الجهاز الهضمي، وتساعدها على أداء وظائفها المختلفة، وفي المقابل فإنّ بعض الأطعمة قد تكون ضارة بالبكتيريا، وفي ما يلي بيان أنواع وتفاصيل تلك الأطعمة: