يمكن أن يتسبّب العلاج الكيماوي بمضاعفات على مستوى الجهاز الهضميّ، وتتمثل بتقرحات بالفم التي تظهر بعد حوالي 5 إلى 14 يوماً من بدء العلاج، بالإضافة إلى الشعوربالغثيانوالتقيّؤ، والإسهال أو الإمساك.
يؤثر العلاج الكيماوي في قدرة نخاع العظم على إنتاج كريات الدم، مما يؤدي إلى مضاعفات نتيجة لذلك؛ فنقص كريات الدم الحمراء يؤدي إلى حالة الأنيميا التي تُعرف بفقر الدم، وما ينتج عنها من التعب والإرهاق وخفقان القلب، وفي حال نقص الصفائح الدموية تزداد احتمالية النزيف الدموي وظهور الكدمات، أمّا في حالةنقص كريات الدم البيضاءتزداد احتمالية الإصابة بالعدوى عند المصاب، ولذلك يُنصح باتخاذ إجراءات من شأنها منع هذه العدوى؛ مثل المحافظة على النظافة الشخصية، وأخد المطاعيم الدورية كمطعوم الإنفلونزا، بالإضافة إلى تجنب الاقتراب من المصابين بالجدري وغيره من الأمراض المُعدية، وقد يتتطلب الأمر استخدام المضادات الحيوية للوقاية من العدوى.
قد يشعر المريض بالخدران في الأطراف، أو الارتعاش، وفقدان التوازن، ومن الممكن أيضاً الشعور بتيبس في الرقبة.
من الآثار البارزة للعلاج الكيماوي، والتي تبدأ بعد عدة أسابيع من استخدام العلاج المعاناة من مشكلةتساقط الشعر، ويجدر بالذكر أنّ الجسم يستعيد نمو الشعر بعد التوقف عن تلقّي العلاج، وتجدر الإشاره إلى أنّ الشعر الجديد قد يكون مختلفاً في لونه وطبيعته عن الشعر الأصلي للمصاب.
من المضاعفات التي يتعرّض لها المريض الذي يخضع للعلاج الكيماويّ ضعف الرغبة الجنسية، وفي بعض الأحيان يؤثر العلاج في الخصوبة لدى الرجل أو المرأة، وقد تكون هذه المشكلة دائمة؛ لذا يجب على الطبيب المعالج تحديد الحالة مع إمكانية أخذ عيّنات من البويضات أو الحيوانات المنوية وحفظها بطريقة معينة لاستخدامها فيما بعد.
من المشاكل الأخرى التي ترافق استخدام العلاج الكيماوي ما يأتي:
"